Risultati di ricerca
8 dic 2017 · 这时，不妨先做ATAC-seq，看开放染色质（open chromatin、transposase-accessible chromatin）是否有变化, 做一个对表观遗传学调控是否参与了我感兴趣的生物学问题的基本判断。. 3）通过ATACseq定义的open chromatin区域 ，再结合motif 分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控 ...
ATAC-seq通过使用过度活跃的Tn5转座酶探测开放染色质来识别可访问的DNA区域，该转座酶将测序适配器插入基因组的开放区域。 然后，测序读数可用于推断染色质可及性增加的区域，以及绘制转录因子结合区域和核小体位置的图谱。
知乎，让每一次点击都充满意义 —— 欢迎来到知乎，发现问题背后的世界。
4 lug 2019 · 主要有两种类型的ATAC-seq计数矩阵，原始矩阵和归一化矩阵，主要包括两组峰值：. “癌症类型特异性峰值集”，包含在单个癌症类型中观察到的所有可重复峰。. 在至少两个样本中观察到了这些峰值，其数值为百万分。. >=5>=5. “泛癌峰值集”代表所有癌症类型的 ...
Encode网站上推荐了ATAC数据分析的标准流程，可参考： ATAC-seq Data Standards and Processing Pipeline ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 1. 安装pipeline step 1: 进入condamodule load miniconda3/38_4.9.2 source ~/***/conda.sh #可通过whereis 查找conda.sh的路径 condo activate base step2: 安装pipelinecd 到安装目录下cd ...
scATAC-seq是一种单细胞水平的染色质可及性测序技术，可用于检测细胞中基因组区域的开放性。. scATAC-seq技术的分析流程包括数据预处理、质控、对齐、单细胞分析、聚类和可视化等步骤。. 以下是scATAC-seq分析流程的一般步骤：. 数据预处理：包括数据质量控制 ...
ATAC-Seq实验的高手大牛们，诺唯赞新发的ATAC-seq试剂盒好不好用？. - 知乎. ATAC-Seq实验的高手大牛们，诺唯赞新发的ATAC-seq试剂盒好不好用？. 知乎，中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台，于 2011 年 1 月正式上线，以「让人们更好的分享知识 ...
ATAC-seq数据明明针对双端测序数据分析的工具多，为什么很多数据是单端的？ 对于ATAC-seq，明明很多工具都是针对双端测序的数据的，但是各个数据库里面（比如GEO以及encode等）里面为什么下载到的数据都是单端的？
单细胞ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）技术 在单细胞层次上通过 Tn5 DNA转座酶 在开放染色质插入测序接头进行标记并测序，从而获取 “高分辨“ 的单细胞精度的染色质开放图谱，并依此揭示细胞异质性的调控机制。. 越来越多的研究者们 ...
2013年，美国斯丹佛大学利用DNA转座酶结合高通量测序技术，来研究染色体的可进入性，即ATAC-seq。 技术是将携带已知DNA序列标签的转座酶，加入到细胞核中，再利用已知序列的标签进行PCR后测序，就知道哪些区域是开放染色质了。
