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8 dic 2017 · 这时，不妨先做ATAC-seq，看开放染色质（open chromatin、transposase-accessible chromatin）是否有变化, 做一个对表观遗传学调控是否参与了我感兴趣的生物学问题的基本判断。. 3）通过ATACseq定义的open chromatin区域 ，再结合motif 分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控 ...
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4 lug 2019 · 主要有两种类型的ATAC-seq计数矩阵，原始矩阵和归一化矩阵，主要包括两组峰值：. “癌症类型特异性峰值集”，包含在单个癌症类型中观察到的所有可重复峰。. 在至少两个样本中观察到了这些峰值，其数值为百万分。. >=5>=5. “泛癌峰值集”代表所有癌症类型的 ...
scATAC-seq是一种单细胞水平的染色质可及性测序技术，可用于检测细胞中基因组区域的开放性。. scATAC-seq技术的分析流程包括数据预处理、质控、对齐、单细胞分析、聚类和可视化等步骤。. 以下是scATAC-seq分析流程的一般步骤：. 数据预处理：包括数据质量控制 ...
ATAC-seq数据明明针对双端测序数据分析的工具多，为什么很多数据是单端的？ 对于ATAC-seq，明明很多工具都是针对双端测序的数据的，但是各个数据库里面（比如GEO以及encode等）里面为什么下载到的数据都是单端的？
单细胞ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）技术 在单细胞层次上通过 Tn5 DNA转座酶 在开放染色质插入测序接头进行标记并测序，从而获取 “高分辨“ 的单细胞精度的染色质开放图谱，并依此揭示细胞异质性的调控机制。. 越来越多的研究者们 ...
ATAC-Seq实验的高手大牛们，诺唯赞新发的ATAC-seq试剂盒好不好用？. - 知乎. ATAC-Seq实验的高手大牛们，诺唯赞新发的ATAC-seq试剂盒好不好用？. 知乎，中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台，于 2011 年 1 月正式上线，以「让人们更好的分享知识 ...
PCR bottleneck coefficients 确定 ATAC 样品制备过程中可能发生的 PCR 偏差/过度放大。PCRbottleneckCoefficient_1 计算为基因组中恰好有 1 个读取唯一映射的位置数与至少有 1 个读取的位置数相比。例如，如果我们有 20 个读数。 16 独特的位置。
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13 nov 2018 · 对开放染色质的测序主要有以下几种方法：. 今天这篇笔记主要讲ATAC-seq, DNase-seq和MNase-seq 的原理，和探测区域的异同。. 三种测序方法探测区域的差异：. DNase-seq 从他的名字就能看出来，使用了限制性内切酶（DNase I）对样品进行了片段化处理。. 在染色质致密 ...
